22 февраля 1714 года по указу Петра I в Санкт-Петербурге был учрежден как Аптекарский огород с целью выращивания «полезных, курьёзных и чуждых плант». Позже он был реорганизован в Императорский Санкт-Петербургский ботанический сад.

Для этих целей 22 февраля 1714 года Петр I повелел учредить Аптекарский сад на острове Вороньем, расположенном вблизи города. В связи с этим впоследствии остров стал называться Аптекарским. Главная цель сада состояла в разведении лекарственных трав. Постепенно территория сада расширялась за счёт покупки и присоединения к нему отдельных участков.

При Екатерине II сад имел в длину 300, а в ширину 200 саженей (то есть 640 на 425 метров); был построен большой деревянный дом, в котором жил профессор ботаники, а летом президент Медицинской коллегии. Сад находился всегда в тесной связи с врачебными учебными заведениями столицы, служа им пособием при преподавании. Здесь читал лекции первый ботаник-специалист Иоганн Буксбаум, управлявший садом и совершивший несколько экспедиций по России, которые обогатили аптекарские питомники первыми редкими видами растений. В соседстве с Садом открыто было училище для детей канцелярских служителей Медицинской коллегии, первым директором которой был штаб-лекарь Парпура. В его ведении находилась также вновь учреждённая медицинская типография (впоследствии типография Министерства внутренних дел). В 1823 году Аптекарский сад был реорганизован в ботанический; а с 1934 года стал научным отделением Ботанического института им. Комарова РАН. С 2014 года передан в ведение Федерального агентства научных организаций. С мая 2018 года учреждение в системе Министерства науки и высшего образования Российской Федерации.

Сегодня площадь сада составляет 22,6 га, включая 16 га парка-дендрария. Коллекция насчитывает свыше 80 тысяч образцов. Экспозиция музея посвящена растительности Земли, истории и эволюции растений, растительным ресурсам России, взаимоотношениям растений и человека.