Родился 12 марта (24 марта по новому стилю) в селе Матвеевское Спасского уезда Тамбовской губернии (ныне Сасовского района Рязанской области), в крестьянской семье. Отец Силантий Филипович был из солдат, пробыл на военной службе 25 лет. Алексей обучался грамоте у дьячка, затем в церковно-приходской школе. В 22 года был призван в армию. С 1899 по 1906 год — матрос Балтийского флота. В 1903 году был арестован за революционную пропаганду. Как «неблагонадёжный» был переведён во 2-ю Тихоокеанскую эскадру на броненосец «Орёл». Участвовал в Цусимском сражении, попал в японский плен.

В плену у Новикова возникла мысль описать пережитое. Он начал сбор материала. В лагере, куда он попал, находились команды почти со всех кораблей, и матросы охотно делились воспоминаниями. Вернувшись из плена в родное село в 1906 году, Новиков написал два очерка о Цусимском сражении: «Безумцы и бесплодные жертвы» и «За чужие грехи», изданные под псевдонимом А. Затёртый. Брошюры были сразу же запрещены правительством, а в 1907 году Новиков был вынужден перейти на нелегальное положение, так как ему грозил арест. Он бежал сначала в Финляндию, а затем в Англию. За годы эмиграции с 1907 по 1913 годы он побывал во Франции, Испании, Северной Африке, плавал матросом на судах торгового флота. С 1912 по 1913 год писатель жил у Максима Горького на Капри. В 1913 году Новиков по поддельному паспорту вернулся в Россию. Во время Первой мировой войны с 1915 по 1918 годы Новиков работал в госпитале на санитарных поездах Земского союза. Весной 1918 года Новиков был назначен начальником эшелона, отправленного в Барнаул для обмена мануфактуры на хлеб для Московского продкомбината. В июне того же года его снова направили в Барнаул с группой писателей и художников для культурно-просветительской работы. В Барнауле он жил до 1920 года. Умер А. С. Новиков-Прибой 29 апреля 1944 года, в Москве. Похоронен на Новодевичьем кладбище.