Настоящий отец Нагибина — Кирилл Александрович Нагибин — погиб в 1920 году. Кирилл Александрович был дворянином, и его расстреляли как участника белогвардейского восстания в Курской губернии. Кирилл Александрович оставил беременную жену Ксению Алексеевну другу Марку Левенталю, который усыновил Юрия. Лишь в зрелые годы Юрию Марковичу рассказали, кто его настоящий отец. Мать Юрия Нагибина дала ему отчество Маркович, чтобы никто не узнал о его дворянском происхождении. Это позволило Юрию с отличием окончить школу и беспрепятственно поступить на сценарный факультет ВГИКа. Вот что пишет Ю. М. Нагибин о своем происхождении в дневнике: «Мое анкетное существование весьма резко отличается от подлинного. Один из двух виновников моего появления на свет так основательно растворился среди всевозможных мифических отчимов, что можно подумать, будто я возник только из яйцеклетки. Но вытравить отца мне удалось лишь из анкетного бытия. В другом, в плоти и крови, существовании моем он непрестанно напоминает о себе». Впрочем, и отчима Нагибина — Марка Левенталя, который работал в Москве адвокатом, в 1927 году сослали в республику Коми (там он и умер в 1952). Нагибин ездит к отчиму в тайне от своих знакомых и друзей. Вот что он пишет в своем дневнике по этому поводу в 1952 году: «Я должен быть ему (Марку Левенталю) благодарен больше, чем любой другой сын — своему отцу, кормившему, поившему, одевавшему его. Я его кормил, поил, одевал. В этом отношении мое чувство совершенно свободно. Но благодаря ему я узнал столько боли всех оттенков и родов, сколько мне не причинили все остальные люди, вместе взятые. Это единственная основа моего душевного опыта. Всё остальное во мне — дрянь, мелочь». В 1928 году мать Нагибина вышла замуж за писателя Якова Рыкачёва, который поощрял первые литературные опыты Юрия. В 1938 поступил в Первый московский медицинский институт, но вскоре перевёлся во ВГИК, который не окончил из-за войны. В 1940 опубликовал первый рассказ. Его дебют поддержали Ю. Олеша и В. Ката­ев. В 1940 принят в Союз писателей. С января 1942 инструктор 7-го отдела Политуправления Волховского фронта, с июля 1942 старший инструктор 7-го отделения политотдела 60-й армии Воронежского фронта. После тяжёлой контузии в бою работал до конца войны специальным военным корреспондентом газеты «Труд». В 1943 вышел первый сборник рассказов.