Владимир Чивилихин родился 7 марта 1928 года в Мариинске (ныне Кемеровская область). Через год его семья переехала в город Тайга. После окончания школы Чивилихин поступил в Тайгинский техникум паровозного хозяйства. Недолгое время проработал мастером в железнодорожном техникуме в Узловой. Печатать свои работы начал с 1946 года. Переехал в Чернигов на Украину к старшей сестре по окончании Великой Отечественной войны. Сюда же переселилась вся семья Чивилихиных. В Чернигове произошла первая встреча юного Чивилихина с П. Д. Барановским, легендарным исследователем русской архитектуры и реставратором мирового значения. Барановский исследовал разрушенный бомбёжкой храм, оказавшийся редким памятником домонгольской эпохи (Пятницкая церковь начала XII века). Позже они встретились в Москве и подружились. В круг чтения молодого Чивилихина входили совсем не советские книги, среди которых — «Житие протопопа Аввакума». Чивилихин был благодарным читателем и библиофилом всю жизнь. В 1954 году окончил факультет журналистики МГУ. Распределение получил в столичную газету, а поселили его в общежитие на краю парка Кусково. В июле 1969 году подписал «письмо одиннадцати» в журнале «Огонёк» под заголовком «Против чего выступает „Новый мир“?». Был активным членом Русского клуба.